Read in the data
## [1] "ID" "Recipient" "Donor"
## [4] "Clone_N" "Rep" "0"
## [7] "2.0833333333333332E-2" "4.1666666666666664E-2" "6.25E-2"
## [10] "8.3333333333333329E-2" "0.10416666666666667" "0.125"
## [13] "0.14583333333333334" "0.16666666666666666" "0.1875"
## [16] "0.20833333333333334" "0.22916666666666666" "0.25"
## [19] "0.27083333333333331" "0.29166666666666669" "0.3125"
## [22] "0.33333333333333331" "0.35416666666666669" "0.375"
## [25] "0.39583333333333331" "0.41666666666666669" "0.4375"
## [28] "0.45833333333333331" "0.47916666666666669" "0.5"
## [31] "0.52083333333333337" "0.54166666666666663" "0.5625"
## [34] "0.58333333333333337" "0.60416666666666663" "0.625"
## [37] "0.64583333333333337" "0.66666666666666663" "0.6875"
## [40] "0.70833333333333337" "0.72916666666666663" "0.75"
## [43] "0.77083333333333337" "0.79166666666666663" "0.8125"
## [46] "0.83333333333333337" "0.85416666666666663" "0.875"
## [49] "0.89583333333333337" "0.91666666666666663" "0.9375"
## [52] "0.95833333333333337" "0.97916666666666663" "1"
reshape to long format
Group by recipient, color by donor
## Warning: Removed 10 row(s) containing missing values (geom_path).
Group by Donor, color by recipient
## Warning: Removed 10 row(s) containing missing values (geom_path).
## `summarise()` has grouped output by 'ID', 'Recipient', 'Donor', 'Clone_N'. You
## can override using the `.groups` argument.
## # A tibble: 12 x 6
## # Groups: ID, Recipient, Donor, Clone_N [12]
## ID Recipient Donor Clone_N Rep max_od
## <chr> <chr> <chr> <dbl> <dbl> <dbl>
## 1 156C3_1 15BC 6C 3 1 0.247
## 2 156C3_2 15BC 6C 3 2 0.194
## 3 156C3_3 15BC 6C 3 3 0.256
## 4 157C1_1 15BC 7C 1 1 0.339
## 5 157C1_2 15BC 7C 1 2 0.352
## 6 157C1_3 15BC 7C 1 3 0.362
## 7 226C1_1 22F 6C 1 1 0.222
## 8 226C1_2 22F 6C 1 2 0.195
## 9 226C1_3 22F 6C 1 3 0.166
## 10 227C2_1 22F 7C 2 1 0.327
## 11 227C2_2 22F 7C 2 2 0.247
## 12 227C2_3 22F 7C 2 3 0.173
Smooth with a spline
## Warning: Removed 10 row(s) containing missing values (geom_path).
Plot of smoothed values
Plot of derivatives. When derivative is at max, this shows when growth rate maxes out
At what time point does max growth occur?
## `summarise()` has grouped output by 'ID', 'Recipient', 'Donor', 'Clone_N'. You
## can override using the `.groups` argument.
## # A tibble: 12 x 7
## # Groups: ID, Recipient, Donor, Clone_N [12]
## ID Recipient Donor Clone_N Rep t_max_deriv label
## <chr> <chr> <chr> <dbl> <dbl> <dbl> <chr>
## 1 156C3_1 15BC 6C 3 1 12 15BC 6C
## 2 156C3_2 15BC 6C 3 2 11.5 15BC 6C
## 3 156C3_3 15BC 6C 3 3 11 15BC 6C
## 4 157C1_1 15BC 7C 1 1 7.5 15BC 7C
## 5 157C1_2 15BC 7C 1 2 4 15BC 7C
## 6 157C1_3 15BC 7C 1 3 4 15BC 7C
## 7 226C1_1 22F 6C 1 1 2 22F 6C
## 8 226C1_2 22F 6C 1 2 2.5 22F 6C
## 9 226C1_3 22F 6C 1 3 2 22F 6C
## 10 227C2_1 22F 7C 2 1 4 22F 7C
## 11 227C2_2 22F 7C 2 2 7.5 22F 7C
## 12 227C2_3 22F 7C 2 3 5.5 22F 7C